Fue fundado en el año 1948 por el P. Jacinto de Fontanil, para atender entonces a los niños de los pescadores del barrio de San Martín. La nueva configuración del barrio y la calidad de la enseñanza contribuyeron a que el colegio adquiriera una importante calidad.

Se inició como Colegio-Escolanía único en Santander, y así permaneció durante bastantes años.

La atención económica fue la base imprescindible para una gran obra de formación completa: religiosa, cultural, artística, moral y física.

A lo largo de los más de 60 años de su existencia han salido alumnos que hoy ocupan puestos de importancia en la educación, política, medicina, etc.

Fiel a sus orígenes, el Colegio de San Antonio excluye todo fin lucrativo y mantiene una atención preferente a la educación humana y religiosa de los alumnos.